De KBO-beheersdienst kan de vennootschappen vermeld in artikel 2 van het Wetboek van vennootschappen, ambtshalve doorhalen in de KBO wanneer ze de verplichting tot neerlegging van hun jaarrekeningen bij de Nationale Bank van België drie opeenvolgende boekjaren niet respecteren. Deze doorhaling is niet van toepassing op de vennootschappen vermeld in artikel 97 van het Wetboek van vennootschappen. Die ambtshalve doorhaling is voorzien in artikel III.42, §1, 4° van het Wetboek van economisch recht.
De vennootschap blijft ook na deze administratieve doorhaling juridisch gezien bestaan. De rechten en plichten (zoals de erkenning van de hoedanigheid als inschrijvingsplichtige onderneming, de verplichtingen om aangiftes in te dienen bij de btw en RSZ, enz.) blijven behouden onder voorbehoud van de beoordeling door de hoven en rechtbanken.
De vermelding van de administratieve doorhaling is beschikbaar voor de verschillende administraties en ook zichtbaar via de toepassing Public Search.
De ambtshalve doorhaling wegens niet-neerlegging van de jaarrekeningen wordt ingetrokken wanneer de geregistreerde entiteit de ontbrekende jaarrekeningen neerlegt. De doorhaling of de intrekking van de doorhaling wordt in het Belgisch Staatsblad gepubliceerd.